Majoritatea papilomelor sunt cauzate de papilomavirusul uman (Human Papilloma Virus – HPV).

Cu toate acestea, in cazul anumitor papiloame, HPV nu este cauza principala. Un astfel de exemplu este papilomul inversat care apare la nivelul tractului urinar. Cercetatorii au legat dezvoltarea acestuia de fumat si de alte potentiale cauze.